クローンブレイドの更なる開発のため、捕獲した雅音とウィッチブレイドのデータ解析を急ぐNSWFの西田は、かつて「ウィッチブレイド適合者」と見なされていたはずの玲奈のデータに異変が生じていることを発見する。
鷹山らの手配により、NSWFから無事救出された雅音。
しかし、再会を喜ぶ雅音と梨穂子を待ちうけていたのは、意外な事実であった。