宇宙警備隊の大隊長「ウルトラの父」から地球に向かうよう命じられた宇宙警備隊のルーキー「ウルトラマンメビウス」は、地球人「ヒビノ ミライ」として、初めて訪れたかけがえのない星、地球に降り立つ。
地球では久しく怪獣災害の無い時代が続いていたが、今、再び怪獣復活、宇宙人襲来の時代を迎えようとしていた。突如現れた宇宙怪獣の前に大打撃を受ける特捜チーム「CREW GUYS」。しかし、どんな逆境にも決して諦めない地球の若者たちとメビウスとの運命の出逢いが、チーム再編成の原動力となり、メビウスはミライ隊員として固い友情で結ばれた仲間たちと共に戦う。そして数々の試練を乗り越え、友情を深めながら、ウルトラマンメビウスは「強さ」と「やさしさ」を併せ持つ「真のウルトラマン」として成長してゆくのである。
「光の国」、そして「宇宙警備隊」…。40周年を迎える今回は、「ゾフィー」、「ウルトラマン」、「ウルトラセブン」、「帰ってきたウルトラマン」、「ウルトラマンA」、「ウルトラマンタロウ」、「ウルトラマンレオ」、「ウルトラマン80」ら、「M78星雲」系の歴代ヒーローとつながりを持つ世界が舞台。「宇宙警備隊」の大隊長「ウルトラの父」、さらに「ウルトラの母」も登場し、ルーキー「ウルトラマンメビウス」の成長と活躍を見守る。そして、40年間の謎、ゾフィーの人間体がこのシリーズで遂に明らかになる!?